ანტიკორუფციული საბჭოს ფარგლებში შექმნილია ექსპერტთა სამუშაო ჯგუფი, რომლის შემადგენლობაშიც შედიან ანტიკორუფციული საბჭოს წევრ უწყებათა წარმომადგენლები. სამუშაო ჯგუფის საქმიანობას კოორდინაციას უწევს ანალიტიკური დეპარტამენტი. ექსპერტთა ჯგუფი ამზადებს ანტიკორუფციული მიმართულებით შესაბამის დოკუმენტებს, ანგარიშებსა და წინადადებებს და წარუდგენს მათ საბჭოს დასამტკიცებლად.

2013 წელს ეროვნული ანტიკორუფციული სტრატეგიისა და 2015-2016 წლების სამოქმედო გეგმის შემუშავების მიზნით 2013 წელს ანტიკორუფციულმა საბჭომ შექმნა 9 თემატური სამუშაო ჯგუფი:
1) საჯარო სამსახურის რეფორმა;
2) ინფორმაციის ხელმისაწვდომობა, მოქალაქეთა ჩართულობა და საზოგადოებრივი ცნობიერების ამაღლება;
3) კორუფციის პრევენცია სამართალდამცავ ორგანოებში და მართლმსაჯულების სისტემაში;
4) კორუფციის პრევენცია საჯარო ფინანსების და სახელმწიფო შესყიდვების სფეროში;
5) კორუფციის პრევენცია საბაჟო და საგადასახადო სისტემებში;
6) კორუფციის პრევენცია კერძო სექტორთან მიმართებით;
7) კორუფციის პრევენცია ჯანდაცვის და სოციალურ სექტორში;
8) პოლიტიკური კორუფციის პრევენცია;
9) მარეგულირებელ ორგანოებში კორუფციული რისკების შემცირება.

ანტიკორუფციული დოკუმენტების მომზადების პროცესში სამოქალაქო სექტორის აქტიური ჩართულობის უზრუნველყოფის მიზნით, თითოეული თემატური სამუშაო ჯგუფის მომხსენებლად განისაზღვრა როგორც სამთავრობო, ისე სამოქალაქო სექტორის წარმომადგენელი.

ანტიკორუფციულმა საბჭომ ასევე შექმნა საერთაშორისო რეკომენდაციების (GRECO, OECD) შესრულებაზე პასუხისმგებელი ad hoc სამუშაო ჯგუფი, თანამდებობის პირთა ქონებრივი დეკლარაციების მონიტორინგის შექმნაზე პასუხისმგებელი ad hoc სამუშაო ჯგუფი და ადგილობრივ თვითმმართველობასთან თანამშრომლობის საკითხებზე მომუშავე ჯგუფი.